顺应潮流:仅尿液ctDNA-MRD检测的应用前景!

2022-01-24 05:02:05 来源:
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"转录被纳入MRD样品的吸引力是明确的,希望这些成果将之后提很高将来MRD样品的机动性。"

肝癌的MRD样品是一种灵敏且特异的可用系统对肝癌症状血浆中所源性遗传物质(如ctDNA)相对来说数量的方式。在这种状态下,症状未肉眼可见的缘膜,但确实存在标准规范以外科影像方式能够样品到但再次就会所致肝癌住院的旋小缘膜。

MRD,常称为旋小完好无损缘膜(Minimal Residual Disease)。可用“Minimal” (旋小)这个词,是因为它在文献资料和以外科专家中所更少用。不过,“Minimal”这个词这样一来具备“误导性”,因为低精准度的出血在HRS和疗法权衡全面性也这样一来具备极其重要意味。“Measurable”(可测定)一词可更精准地叙述完好无损在病人体内的免疫系统的存在。NCCN指南同时可用了“Minimal Residual Disease”(旋小完好无损缘膜)和“Measurable Residual Disease”(可测定完好无损缘膜)两个术语。

此以外,可行性深入研究表明在小分子精准度上样品多种肝癌子类的ctDNA比方说具备以外科用处,文献资料和以外科专家有时也就会可用“Molecular Residual Disease”(小分子完好无损缘膜)一词。

近年来,国内以外在实质中所基于ctDNA的MRD不确定性评估(ctDNA-MRD)的以外科信息和缘论更为多,开启了实质出血MRD样品的大受欢迎。实质出血ctDNA-MRD样品的高效率体裁主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情量化)

对原发该组织透过小分子生物学以鉴定症状的特异测序变异图谱,然后其设计聚合酶定制panel或可用固定panel透过与众不同的ctDNA样品量化。

2)Tumor-uninformed assays(发觉量化)

也可以称为Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即无须原发该组织,均依赖于组合成预先选定聚合酶/核酸其设计的与肝癌子类之外的固定panel透过ctDNA样品量化,常在样品ctDNA遗传的同时,辅以ctDNA转录或片段组学等的大学方式。考虑到了该组织抽取欠缺或系统对核糖体欠缺或TAT较短等问题。

Tumor-informed assays的高效率思路更符合社就会大众的认知,在保证很高免疫的年前提下,可通过系统对多核糖体的sample-level(抽取精准度)进一步提很高其很高频率,高效率投票率相对来说来说不是相当多很高。Tumor-uninformed assays的高效率思路更类似于早筛,通过提很高site-level(核糖体精准度)样品很高频率并辅以ctDNA转录或片段组学并缘合数据分析算法进一步提很高其很高频率和免疫,高效率投票率相对来说来说较很高。

2021年4年初29日,《Clinical Cancer Research》应用各个领域软件刊载了“均可用血红蛋白ctDNA样品缘帕金森氏症症状旋小完好无损缘膜(MRD)”的发表文章,首次引起争议了Guardant Reveal的深入研究信息:MRD样品很高频率达到91%,免疫达100%,这些挖掘出赞同了均血红蛋白ctDNA-MRD样品(Tumor-uninformed assays)的潜在以外科应用各个领域。

2021年8年初13日,《Clinical Cancer Research》应用各个领域软件刊载了“顺应潮流:均血红蛋白ctDNA-MRD样品的应用各个领域年前景”的发表文章,在这那时候科学家们发表意见不确定性评估了均血红蛋白ctDNA样品MRD的控制能力,以及将转录构建到ctDNA样品的潜在好处。2

Parikh及其合作者1 和Taieb及其合作者3 发表意见了均血红蛋白ctDNA-MRD样品在缘帕金森氏症(CRC)症状中所的潜在以外科应用各个领域。

▲ ctDNA转录和遗传在两项深入研究中所的应用各个领域比较(Parikh和Taieb)

缘帕金森氏症(CRC)的疗法仍然陷入着一个挑战,即相当多的CRC症状因最初缘核病住院而过早死亡。尽管以外科换用了标准规范的专门其设计疗法,但很高不确定性IIIC期CRC症状的5年准确率也均有53%,究其原因是未挖掘出MRI上未样品到的旋小完好无损缘膜(MRD)。4

目年前,仍迫切只能精准确定哪些症状术后存在MRD,以帮助个人兴趣提很高或减低专门其设计疗法,并减低治疗者的有必要性,同时有利于地提很高不必要疗法的之外毒性。

在过去的几年那时候,我们对ctDNA在CRC诊断和HRS中所的应用各个领域有了国际上的了解。目年前,基于ctDNA的MRD不确定性评估自始国际上应可用肝癌的疗法中所。

ctDNA是由DNA的短片段都由(大约130-150bp),由免疫系统通过凋亡、坏死或分泌拘禁到循环系统中所。 ctDNA的半衰期短致使其成为敏感的即时负荷圣万,它的存在这样一来反映了MRI上看不见的旋转移。

在治疗者性疗法完缘后,ctDNA中所注意到的**遗传对随后的MRI住院具备较很高的无症状预测价值,相当多是当这些遗传与开刀的该组织中所的遗传相比较时。样品这种ctDNA下定义的MRD可以在I-III期CRC中所提年前MRI数年初预测住院,从而为组合成再次就会住院的CRC症状透过一个不确定性评估新疗法的售票处。然而,这些ctDNA政治体制遗传下定义的MRD样品方式的很高频率仍然是有限的,迫切只能修改其样品机动性。

ctDNA的转录样品优于ctDNA的政治体制遗传样品。ctDNA的转录间歇性在CRC中所非常少用,并被视为大多数癌变的最初阶段。这种转录,具体下定义为DNA中所胞嘧啶的C5位置替换成甲基基团,闭环附近遗传的传达,之外经典电影的抑癌遗传失活。与政治体制遗传相对来说于,CRC中所存在更多的转录间歇性区域,为提很高MRD样品的很高频率透过了良机。SEPT9,就是第一个来透过血浆样品单遗传转录间歇性透过筛查和最初样品CRC的方式。尽管ctDNA转录有这些优点,但这些大致相同的特性也只能谨慎,以保持样品量化的免疫,并尽量提很高假无症状的有必要性。

在这种或多或少下,Parikh和Taieb的除此以以外最新深入研究缘果为我们对ctDNA机动性的理解透过了有用的缺少,即无须原发该组织,均通过血浆ctDNA转录或倡议ctDNA遗传才就会透过精准的MRD不确定性评估。与其他只能对原发该组织透过小分子生物学以个人兴趣后续ctDNA量化的样品不同,除此以以外深入研究探讨了Tumor-uninformed assays的必要性,它有几个竞争者,之外短时间的TAT,增大初始价格,对该组织欠缺或不可视的症状透过系统对。

Parikh等人透过了一种ctDNA转录缘合ctDNA政治体制遗传的固定panel透过MRD的量化不确定性评估(NGS方式),与其他商业上可视的MRD样品方式相对来说于,这种方式不只能开刀的该组织以及定制化。在再次疗法后可用时,这种均血红蛋白ctDNA-MRD样品对住院具备以外科意味的免疫(100%)和很高频率(55.6%),通过构建表观测序相似性和平行系统对量化,其很高频率可进一步提很高至91%。1 该方式被可用刚刚透过的年前瞻性深入研究,之外个人兴趣IIA期白血病疗法权衡的NRG合作组深入研究(NCT04068103)。虽然还只能额以外的信息集来验证这些挖掘出,但这些缘果验证了基于ctDNA的MRD样品在发觉的前提可放弃的样品机动性相似性。

Taieb等人的深入研究来透过了一对先年前被验证是CRC开刀后HRS之外的转录遗传标示物WIF1和NPY(ddPCR方式),并将它们应可用PRODIGE-GERCOR IDEA-France试制,将III期CRC症状随机总称3个年初 vs 6个年初的专门其设计放射治疗。在对出席III期试制的III期CRC症状透过的首次ctDNA-MRD不确定性评估中所,有13.8%的症状术后为ctDNA-MRD无症状,并被核实为独立的HRS圣万。3 同时,科学家也指出,与其他换用NGS方式的ctDNA-MRD深入研究相对来说于,本深入研究中所ctDNA的无症状率较低。很高频率和PPV比方说低于NGS样品缘果,ctDNA-MRD无症状和复数的5年DFS分别为65%和73%,尽管专门其设计疗法的和不理想的年前量化抽取处理过程有但就会对这些缘果归因于影响。该方式值得注意的是其相对来说简单,非常低的价格和潜在的复原性,不只能商业样品中所所见的专利样品方式。刚刚透过的年前瞻性深入研究将进一步不确定性评估均血红蛋白ctDNA样品究竟能够精准不确定性评估MRD,以便对CRC症状透过不确定性分层,并个人兴趣专门其设计疗法权衡。

无论换用何种方式,均用血红蛋白ctDNA-MRD样品来个人兴趣CRC症状的疗法决定,只能可靠且精准的样品方式。需进一步提很高均血红蛋白ctDNA-MRD样品的很高频率来确定哪些症状可以从疗法降回中所获益,以可避免不恰当地自由选择很高危症状放弃较低强度的疗法。Parikh及其合作者的深入研究缘果表明,构建测序和表观测序以及平行血红蛋白系统对,可显著提很高均血红蛋白ctDNA-MRD的很高频率。相对来说于之下,ctDNA-MRD样品的很高免疫对于ctDNA作为一个完整的生命体圣万来确定疗法换用是至关极其重要的。由于免疫欠缺,假无症状的ctDNA-MRD有但就会使症状放弃不必要的提升疗法。Parikh及其合作者的深入研究缘果验证,除政治体制遗传以外,还可以通过缘合表观测序转录相似性的量化来保持免疫。Taieb等人的量化方式的竞争者在于提很高了以外科相似性的很高频率和HRS,但是,自始如科学家申明的那样,单独的两个遗传转录标示这样一来能够透过与缘合政治体制遗传方式的机动性相似性。极其重要的是,这项工作也强调了标准规范化量化年前条件的极其重要性,因为各种提取方式可以在不小往往上影响ctDNA的得率和完整性。在将来的深入研究中所,这些量化年前的考虑将变得更为极其重要。

转录被纳入MRD样品的吸引力是明确的,希望这些成果将之后提很高将来MRD样品的机动性。总之,均血红蛋白ctDNA-MRD的样品透过了一个独特的良机,可用一种无创方式来探险疗法方案,并有这样一来根治很高危症状的旋转移性缘膜。这些深入研究缘果显然为将来ctDNA-MRD个人兴趣的年前瞻性以外科试制铺平了道路。

MRD,仍然是一个短时间发展的各个领域,我们预期近两年有但就会注意到更进一步缘论,要么显示出MRD样品的以外科用处的局限性,要么显示出MRD样品的其他竞争者和新商业用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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